O sequenciamento genômico completo é considerado o padrão-ouro para a definição das linhagens e variantes de SARS-CoV-2, pois contempla o genoma viral inteiro, permitindo a identificação de todas as mutações que assinam as linhagens, e ainda possibilita realizar a reconstrução filogenética, podendo dar suporte à vigilância epidemiológica na definição da origem do surto.